全面清理政府规章，是维护法制统一、保持政令畅通、推进依法行政、建设法治政府的重要举措。按照《国务院办公厅关于开展行政法规、规章清理工作的通知》的统一部署，从2007年4月开始，南宁市法制办公室组织人员对全市所有现行有效的65件政府规章进行了一次全面的清理。经过清理，2007年12月29日市人民政府第33次常务会议讨论通过《南宁市人民政府关于废止部分政府规章的决定》（市人民政府令第9号），决定废止《南宁市南湖管理暂行规定》等15件政府规章。此外还有9件政府规章将陆续公布修订结果，其他需要修改的政府规章将立法程序进行修订公布。

根据清理的原则和要求，对规章主要内容与法律、行政法规、地方性法规、自治区人民政府规章相抵触的，或者已被新的规章所代替的，要明令废止；规章适用期已过或者调整对象已消失，实际上已经失效的，要宣布失效；规章个别条款与法律、行政法规、地方性法规、自治区人民政府规章不一致的，要予以修改。对于有的规章适用了10多年而没有及时修改废止，有的规章已不适应当前新形势或已被新的法律法规所代替的，市政府作出了废止的决定。废止的规章包括《南宁市南湖管理暂行规定》、《南宁市公用电话管理办法》、《南宁市城市生活垃圾管理实施办法》、《南宁市人民警察巡察条例实施细则》、《南宁市住房公积金暂行办法》、《南宁市出售公有住房暂行办法》、《南宁市人民政府关于维护信访工作秩序的规定》、《南宁市城市居民生活困难救济暂行办法》、《南宁市国家安全机关工作人员使用侦察证暂行办法》、《南宁市体育市场管理规定》、《南宁市“一日游”管理规定》、《南宁市房地产抵押管理暂行办法》、《南宁市出租汽车客运管理办法》、《南宁市行政过错责任追究暂行办法》、《南宁市医疗废弃物集中处置管理暂行办法》

在清理的工作过程中，为增强政府立法工作的透明度，南宁市法制办实行“开门清理”方式，广开言路，集思广益，将65件政府规章目录在《南国早报》《南宁日报》和南宁政务信息网站进行公布，征求社会各界意见，许多市民通过发电子邮件、来信、上门反映等形式提出了意见。2007年9月，南宁市法制办还组织召开专家论证会，邀请人大代表、政协委员、大学教授、律师代表、行政管理专家、执法一线人员共60余人次对南宁市政府规章清理意见进行集中论证。